Analýza RNA technologiemi mikroskopie a cytometrie

04-23-12

Technologie QuantiGene™ , ViewRNA a PrimeFlow™ RNA Assay umožňují zcela novou úroveň detekce RNA a to jak v kultuře, tak na úrovni jednotlivých buněk. Tento přístup využívá specificky modifikované postupy fluorescenční in situhybridizace (FISH) a umožní tak simultánní detekci až 80 transkriptů v lyzátu pomocí systému Luminex, nebo tří různých RNA transkriptů v jediné buňce pomocí standartního průtokového cytometru či mikroskopu.Techniky PrimeFlow™ RNA a ViewRNA umožňují navíc kombinaci značení RNA s tradičním značením buněk pomocí protilátek a to jak povrchovými, tak intracelulárními, anti-fosfo protilátkami i protilátkami proti transkripčním faktorům.

Technologie QuantiGene jsou navržené pro kvantifikaci genové exprese sledovaného transkriptu. Pro amplifikaci signálu využívají nejmodernější technologie bDNA (branched DNA = větvené DNA) a tím tak poskytují kvalitativně odlišné výsledky, než ty, které bylo dosud možné získat pomocí qPCR.

QuantiGene Plex a QuantiGene Singleplex kity jsou navrženy tak, aby bylo možné kvantifikovat RNA přímo z lyzátů buněčných, nebo tkáňových kultur bez nutnosti čištění a izolace RNA, technologie PrimeFlow a View RNA jsou pak založeny na principu měření, nebo vizualizace RNA přímo v buňkách.

První z technologií – QuatiGene umožňuje kvantifikovat 3 až 80 genů v jednom vzorku za použití standardních 96ti jamkových destiček na přístrojích společnosti Luminex. Technologie pracuje s jedinečnou přesností a precizností právě díky užití technologie amplifikace pomocí větvené DNA. Quantifikace RNA přímo z lyzátu buněk tak zabraňuje zkreslení, ztrátě vzorku, stanovení falešně pozitivních/negativních výsledků které jsou běžně spojeny s kroky izolace RNA, syntézou cDNA a PCR amplifikací. Technologii je možné užít na lidských, živočišných a rostlinných tkáních, pro FFPE tkáňové řezy, plnou krev, kultivované buňky, izolovanou RNA a mnoho dalších. Každý nově navržený panel je předem plně a funkčně prověřen. Tato technologie si našla své uplatnění hlavně v oblasti validace a testování různých biomarkerů u jednotlivých onemocnění jako jsou např. rakovina, neurologická a autoimunitní onemocnění. WORKFLOW TECHNOLOGIE QuantiGene

Princip technologie Prime Flow RNA je založen na simultánní detekci proteinů a RNA na úrovni jednotlivých buněk pomocí metody průtokové cytometrie. Základem této technologie je opět metoda větvené DNA pro specifickou detekci a zesílení signálu, které je navíc možné volně kombinovat se značením povrchových i intracelulárních struktur pomocí protilátek nesoucími běžnými fluorochromy. Tato technologie tak nabízí možnost simultánní detekce až 3 RNA transkriptů v jednotlivých buňkách pomocí standardního průtokového cytometru + detekce celé řady dalších proteinových markerů. Díky tomu lze snadno sledovat heterogenitu exprese různých genů na úrovni jednotlivých buněk, ale v rámci celé heterogenní populace. Lze porovnávat kinetiku tvorby proteinů a RNA v jedné a té samé buňce. Není problém přímo detekovat virovou RNA v infikovaných buňkách a samozřejmou aplikací je i možnost analýza RNA pro proteiny v případě, že neexistují potřebné specifické protilátky. WORKFLOW TECHNOLOGIE PrimeFlowRNA

ViewRNA je technologie založená na principu fluorescenční in situ hybridizace, která slouží k vizualizaci RNA, nebo DNA lokalizované v buňkách pomocí fluorescenčního mikroskopu. Na rozdíl od standardní technologie FISH RNA, která je omezena nízkou citlivostí, komplikovaností pracovního postupu a nemožností provádět multiplexové analýzy je ViewRNA technologie metoda neradioaktivní RNA in situ hybridizace s možností analýzy jedné molekuly mRNA a detekcí jednoho až čtyřech mRNA cílů v každé buňce. Tato technologie je navržena především pro studium RNA jednotlivých biomarkerů, nebo adherentních buněk. Hlavními aplikacemi užití této technologie je především analýza transkripční heterogenity, rakoviny, infekčních onemocnění, studiu diferenciaci kmenových buněk, virologii, nebo při studiu nekódujících úseku RNA a mnoho dalších užitečných aplikací. WORKFLOW TECHNOLOGIE ViewRNA

Více informací ohledně všech těchto dostupných technik lze naleznout na stránkách výrobce ZDE